امید

جعفر توفیقی از مدافعان استقلال دانشگاه‌ها و مراکز علمی بوده و معتقد به آزادی در فعالیت‌های علمی و انتشار نتایج نقد و نظریه‌پردازی، بحث و تبادل‌نظر، تضارب آرا و افکار و اندیشه‌ها در دانشگاه‌ها است. همچنین وی از مخالفان تفکیک جنسیتی در دانشگاه‌ها، بازنشستگی اجباری اساتید، افزایش دانشگاه‌های پولی و محدود کردن استقلال دانشگاه‌ها در پذیرش دانشجویان مقطع دکترا در زمان دولت‌های محمود احمدی‌نژاد بوده است.
توفیقی در مصاحبه با روزنامه بهار، تولید علمی را اولویت اصلی کشور دانسته و حل مشکلات اقتصادی، سیاسی و اجتماعی ایران را تنها مستلزم توسعه علمی می‌داند. توفیقی معتقد است نه تنها بحث تفکیک جنسیتی دانشگاه‌ها، بلکه هر تغییر سخت‌افزاری و نرم‌افزاری در دانشگاه‌های ایران باید با رای دانشجویان و پشتیبانی آنان همراه باشد. توفیقی، بازنگری در دروس رشته‌های علوم انسانی و سایر رشته‌های دانشگاهی را یک نیاز برای ارتقای شاخص‌های کیفیت آموزش و به‌روزرسانی معلومات دانشجویان می‌داند.
توفیقی در پایان دوره سرپرستی‌اش عنوان کرد نباید محیط دانشگاه‌ها محیطی امنیتی باشد و می‌بایست حوزه اختیارات گروه‌های حراست دانشگاه کم و اداره دانشگاه بیشتر در اختیار رؤسای آنها باشد تا دانشگاهیان و تشکل‌های دانشگاهی همواره احساس ترس نکنند و بتوانند آزادانه به فعالیت‌های آموزش و پژوهشی بپردازند.
جعفر توفیقی با در دست گرفتن سرپرستی وزارت علوم و به دنبال نامه‌های فراوان تشکل‌های دانشجویی و شکل گیری کمپین‌های مجازی، ضمن دادن وعده بازگشت تعداد زیادی از دانشجویان و اساتید اخراجی، چند تن از رؤسای دانشگاه‌های کشور از جمله صدرالدین شریعتی، رئیس دانشگاه علامه طباطبایی و محمداسماعیل همدانی گلشن، رئیس دانشگاه صنعتی اصفهان را برکنار کرده و به ترتیب حسین سلیمی و محمود مدرس هاشمی را جایگزین آن‌ها نمود.
چندی پس از آغاز سرپرستی توفیقی نیز، در جلسه هیئت امنای دانشگاه آزاد اسلامی، با رأی اکثریت اعضا، فرهاد دانشجو، از ریاست دانشگاه آزاد برکنار شده و حمید میرزاده جایگزین وی گردید.
چنین اقداماتی موجب محبوبیت گسترده وی بین دانشجویان گردید و همچنین در مراسم آغاز سال تحصیلی دانشگاه‌ها و مراکز فناوری در تالار علامه امینی دانشگاه تهران در ۲۲ مهر ۱۳۹۲، صدا زدن نام توفیقی توسط مجری برنامه برای ایراد سخنرانی با تشویق پرشور و ممتد حاضران در سالن همراه شد.
در ۱۲ آبان ۱۳۹۲ رضا فرجی دانا، وزیر علوم، تحقیقات و فناوری ایران طی حکمی، جعفر توفیقی را به عنوان مشاور عالی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری منصوب کرد. انتصاب توفیقی و جعفر میلی منفرد در وزارت علوم با واکنش منفی برخی از نمایندگان مجلس روبرو شد و ۸۲ نماینده مجلس اقدام به ارسال تذکری کتبی برای وی کردند. چند روز بعد ۱۵۰ نفر از نمایندگان مجلس در نامه‌ای به رئیس‌جمهور از او درخواست کردند در برخی انتصابات وزارت علوم مداخله کند و خواستار تجدیدنظر در بعضی از این انتصابات شدند.
فرجی دانا نیز در پاسخ به نمایندگان گفت: «افرادی که در وزارت علوم منصوب شدند بعد از فرمایش‌های مقام معظم رهبری و پس از آنکه بحث فتنه پیش آمد، هیچ موقع عکس العملی نداشتند و فرمایش‌های رهبری را به عنوان فصل الخطاب پذیرفتند.» او همچنین تاکید کرده که اگر وزارت اطلاعات اثبات و اعلام کند این افراد با فتنه ارتباطی دارند، در این انتصابات تجدید نظر خواهد کرد.
فرجی دانا مدتی بعد در مصاحبه‌ای اعلام کرد: «آن چه بر اساس اختیارات و طی مراحل قانونی انجام شده است را نقض نخواهیم کرد.» انتصاب توفیقی و میلی منفرد نهایتاً موجب شد فرجی دانا اولین کارت زرد مجلس را گرفته و نه ماه بعد توسط مجلس استیضاح و برکنار شود. جعفر توفیقی، نهایتاً در ۱۰ شهریور ۱۳۹۳، از وزارت علوم خداحافظی کرده و از مشاوره عالی وزات علوم استعفا نمود.
در پایان باید گفت که دکتر توفیقی شأن‌ علمی اش را از حضور در هیچ منصبی کسب نکرده‌ است، بلکه این جایگاه ها هستند که شأن‌شان را از حضور امثال وی کسب می‌کنند.
ملت بزرگ، فهیم و شریف ایران و نیز دانشگاهیان و دانشجویان عزیز می‌دانند که جای خالی دکتر توفیقی در صحنه علم و دانش کشور خالی است اما قطعا زحمات شما در این وادی سخت توسط مردم دیده می شود و روسیاهی بر سیمای کسانی خواهند ماند که با تمام توان تلاش می کنند عرصه علم و فرهنگ کشور را الوده به بی سوادی و کم دانشی خود کنند.
امروز رسانه ها خبر از خداحافظی دکتر توفیقی با وزارت علوم دادند و نوشتند که "پس از فرجی دانا، توفیقی هم رفت" اما مطمئنیم که حقانیت شما و تلاش شما برای ارتقاء جایگاه و شأن علمی دانشگاه های کشور ادامه خواهد داشت و ... سلام دکتر توفیقی