مدیری که طی مدیریت ۱۲ ساله محمدباقر قالیباف راس شهرداری تهران در قامت قائم‌مقام، نقش شهردار در سایه را بازی می‌کرد و بعد از مشخص شدن نتیجه انتخابات ریاست جمهوری و شورای شهر سال ۹۶ در حالی که قالیباف روزهای آخر حضورش را در «بهشت» را می‌گذراند، استعفا داد و به بهانه بیماری فرزندش از کشور خارج شد.
شریفی البته مدتی بعد به‌دلایلی نامعلوم به کشور بازگشت و بازداشت شد. هرچند مدتی کوتاه پس از بازداشت، با وثیقه‌ای سنگین آزاد شد و با گفته‌های سخنگوی وقت قوه قضاییه در شهریورماه ۹۶، اتهام مالی علیه عیسی شریفی تایید شد. اتهامی که البته مدتی بعد ازسوی دادستان نظامی تهران هم که اتهام این مقام ارشد شهرداری را اتهامی «مالی» عنوان کرده بود، به تایید دوم رسید.
طول این مدت اما دیگر خبری از جزییات رسیدگی به پرونده عیسی شریفی در دست نبود. اواخر خرداد سال جاری بود که رییس سازمان قضایی نیروهای مسلح درباره آخرین جزییات رسیدگی به پرونده قائم‌مقام شهردار اسبق تهران گفت که مبالغ بسیار سنگینی در این پرونده مطرح شده است.
حجت‌الاسلام بهرامی با بیان اینکه «برای این پرونده کیفرخواست صادر و بیش از ۴۰ جلسه دادگاه نیز برگزار شده»، اعلام کرد که این پرونده ۹ متهم دارد که آقایان شریفی و (محمود) سیف دو بازداشتی این پرونده و بقیه با قرار وثیقه آزاد هستند.
نهایتا روزهای نخست بهمن‌ماه، خبرهایی غیررسمی منتشر شد که نشان می‌داد عیسی شریفی، قائم‌مقام قالیباف که حالا بر کرسی ریاست مجلس تکیه زده، به اتهام فساد مالی به ۲۰ سال زندان و بازگشت حدود ۴۸۰ میلیارد تومان اموال به یغما رفته محکوم شده است.
این خبر اگرچه از سوی هیچ مقام رسمی حتی تا همین حالا هم بطور رسمی تایید یا رد نشده اما حواشی بسیاری درپی داشت. پس از انتشار این خبر، محمدجواد حق‌شناس به عنوان یکی از اعضای شورای شهر که طول این سال‌ها پیگیر این پرونده بوده، باتوجه به آنچه «اطلاع‌رسانی ناقص و مبهم و اهمیت موضوع و ارتباط مستقیم آن با شهرداری» خوانده، در یادداشتی از سردار سرلشکر محمد باقری رییس ستادکل نیروهای مسلح درخواست کرد تا اطلاعات پرونده را در اختیار شورای شهر قرار دهد.
او در این نامه ۳ پرسش را پیش کشیده است: «چرا پرونده به دادسرای نظامی ارجاع شده است؟»، «آیا سمت‌های عیسی شریفی در این پرونده یک سمت نظامی بوده یا قائم‌مقام شهرداری تهران» و «حکم محکومیت نامبرده ناشی از جرایم حین خدمت در شهرداری بوده یا جرایم نظامی داشته است؟»
ستاد کل نیروهای مسلح هم ۱۲ بهمن‌ماه پاسخ نامه حق‌شناس را به امضای سرتیپ دوم پاسدار مسعود مطهر، مشاور رییس ستادکل و رییس حقوقی و امور مجلس نیروهای مسلح داد و در آن ابعاد تازه‌ای از این پرونده را روشن کرد.
براساس آن نامه، پرونده اولیه موضوع توسط مراجع نظارتی سپاه پاسداران تشکیل شده و توسط رییس قوه قضاییه شعبه رسیدگی‌کننده ویژه در سازمان قضایی نیروهای مسلح مامور رسیدگی به پرونده شده است.
جالب اینکه در این میان پیروز حناچی، شهردار تهران در نشست خبری که روز شنبه با اصحاب رسانه داشت، گفت که پرونده عیسی شریفی «در دادستانی نیروهای مسلح پیگیری شده که ما نیز شاکی هستیم و منتظریم حکم صادرشده به ما ابلاغ شود. فرد نام برده تا پیش از بازداشت، در ۱۲ سال گذشته مسوولیت رسمی دیگری به جز مجموعه شهرداری نداشته، لذا نمی‌توان تصور کرد موضوع پرونده به مسوولیت دیگری ربط داشته باشد اما پرونده در نیروهای مسلح بررسی شده و ما اطلاعات دیگری نداریم ولی ما هم جزو شاکیان بوده‌ایم.»
نکته‌ای که واکنش محمود صادقی، نماینده اصلاح‌طلب مجلس دهم را نیز برانگیخت و درنتیجه او با اشاره به گفته‌های شهردار پایتخت، در حساب شخصی‌اش در توییتر نوشت: «جالب است؛ شاکی هستند ولی اطلاعی از پرونده ندارند و ظاهرا حکم صادره به آنها ابلاغ نشده است!»
یک روز پس از این اظهارات شهردار تهران، محمدجواد حق‌شناس در ادامه پیگیری‌های این پرونده، نامه‌ای خطاب به اعضای شورای شهر و شهردار تهران نوشته که در آن نکات و پرسش‌هایی را مطرح کرده است. به‌گفته این عضو شورای شهر، اخبار منتشرشده نشان می‌دهد که در جریان تشکیل پرونده، رسیدگی انجام شده و حتی در رأی صادره هیچ توجهی به حقوق شهرداری تهران صورت نگرفته و عملا شهرداری هیچ‌گونه نقش و جایگاهی در ماجرا نداشته است.
این در حالی است که مشخصا شهرداری تهران یک طرف کل این قراردادها و ذی‌نفع اصلی بوده و اگر هم اموالی به یغما رفته است، اموال شهرداری و به عبارت بهتر ثروت مردم ستم‌دیده تهران بوده است. این عضو حزب اعتماد ملی تاکید دارد که «تشکیل دادگاه خاص همچون دادگاه ویژه روحانیت و دادگاه نظامی و سازمان قضایی نیروهای مسلح برای آن نیست که حریم امنی برای صنف خاصی در نظر گرفته شود برای آن است که به لحاظ اختیارات و مسوولیت‌های خاص این افراد رسیدگی دقیق‌تر و مقررات سختگیرانه‌تری اعمال گردد.»
افزودن نظر جدید